因为在11月4日与陕西宝荣的比赛之前，不满替补身份进而拒绝参赛，肖战波一度卷入了“罢赛、违纪”的风波。11月10日凌晨，申花俱乐部在其官方网站上刊登了对肖战波的处罚决定。和原先外界猜测的略有不同，肖战波最终遭受的既不是“三停”，也不是“开除”，而是一张50%年薪的罚单。

　　按照肖战波的年薪金额来计数，他将至少向俱乐部上缴150万元人民币。这样的处罚力度，在中国职业足球历史上也是绝无仅有的。根据申花俱乐部的处罚通知，在名义上，肖战波需要在处罚决定出台起10日内，向俱乐部的指定账户注入罚金。而几乎同时，肖战波便切断了此前与媒体的联系，在公众的视线中“消失”了。

　　11月11日申花队的那次全体大会，肖战波自然没有参加。而在天价罚单引起了坊间的一阵哗然之后，有关肖战波本人对于处罚的态度，以及处罚的执行情况也没有了下文。也有消息说，缴纳罚金的手续已经完成，不过，这个说法没有得到申花官方的证实。

　　有知情人士透露，在申花队放假期间，肖战波独自返回了沈阳的家中。并时常出现在某医院，照顾病患严重的母亲。“战波是一个人回沈阳的，因为孩子还要在上海上学，加上还有岳母在家，太太(邢丹)没有和他一道回去。”该人士也表示，因为病情比较严重，医院方面早先就已经给肖战波的母亲开了病危通知书。而肖战波本人那段时间的心情，显然也与母亲的病情有很大的关系。

　　客观来看，申花俱乐部对肖战波的这纸“天价罚单”虽然严厉，但还是带有一定的息事宁人、治病救人的意味。而肖战波在和俱乐部方面“签字画押”之后，也得以保全了继续“留队踢球”的可能。“一方面，俱乐部也不是要存心不给他活路，否则早就开除出队了。另一方面，被罚了那么多钱，肖战波也算是为自己当初的冲动埋过单了。”按照这位内部人士的看法，在找到“平衡点”之后，当事双方也会将最后一年的合同维系下去。只是，在肖战波本人没有出现在康桥基地之前，一切都只是未知数。

　　此前曾经有消息称，肖战波作好了退役的打算。但随着肖战波今日的“回归”，基本可以排除他退役的可能。