从1998年被霍顿招进国家队，迄今为止，肇俊哲已经为国家队效力十年，历经霍顿、米卢、阿里·汉、朱广沪四任主帅的他，虽然在米卢时代曾一度被排除在十强赛之外，但世界杯上击中巴西门柱的精彩还是让他在前三任主帅时代都留下了可圈可点的表现。数据显示，在朱家军两年来的历次集训和比赛中，无论是出勤率还是首发次数，肇俊哲都堪称朱家军“顶级重臣”。

　　除了东亚运动会外，朱家军大小集训16次，赴欧洲拉练两次，肇俊哲参加了其中的13次集训和两次拉练，仅有的几次缺席，大多因为伤病。朱家军自组建以来一共打了30场比赛，在已经入选过的106人中，肇俊哲一共出场22次，仅次于李雷雷的27场和张耀坤的25场，排名第三。而在22场中，肇俊哲首发20次，打满15场。如果不是东亚四强赛时因伤未能出征，他的这个数据必定还有提升空间。肇俊哲无疑是国家队中前场位置最稳固的球员，无论赵旭日、李铁、陶伟的出场率都远远低于他。有趣的是，肇俊哲缺席的国家队比赛战绩都不错，2005年7月东亚四强赛，朱广沪率领中国队获得了冠军。

　　2005年10月12日，中国队0比1小负德国队，2005年11月16日，中国队0比0战平保加利亚队。当然，缺少了肇俊哲的国家队也曾经打出令人不满的比赛，2006年9月6日，亚洲杯预选赛上中国队0比0被新加坡队逼平的比赛，肇俊哲就没有出场。